Очистка данных ChIP-seq

ChIP-seq с Bioconductor в R

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

Типичные проблемы

Неправильно картированные риды могут давать ложные пики.

  • Геномные повторы.

ChIP-seq с Bioconductor в R

Типичные проблемы

Неправильно картированные риды могут давать ложные пики.

  • Геномные повторы.

  • Неполная референсная последовательность.

ChIP-seq с Bioconductor в R

Типичные проблемы

Неправильно картированные риды могут давать ложные пики.

  • Геномные повторы.

  • Неполная референсная последовательность.

  • Низкосложностные регионы.

ChIP-seq с Bioconductor в R

ChIP-seq с Bioconductor в R

Амплификационное смещение

  • Фрагменты ДНК, извлечённые из клеток, перед секвенированием многократно копируются.
  • Не все фрагменты дают одинаковое число копий.
  • Одинаковые фрагменты могут быть секвенированы несколько раз.
  • Один фрагмент ДНК способен искусственно завысить покрытие и привести к ошибочному вызову пиков.
ChIP-seq с Bioconductor в R

Отчёты о контроле качества

library(ChIPQC)
qc_report <- ChIPQC(experiment="sample_info.csv", annotation="hg19")
ChIPQCreport(qc_report)

ChIP-seq с Bioconductor в R

Подготовка входных файлов

SampleID Factor Condition Tissue Treatment bamReads Peaks PeakCaller
S1 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S1.bam S1.bed macs
S2 AR primary primary prostate tumor gleason score: 3+4=7 S2.bam S2.bed macs
... ... ... ... ... ... ... ...
ChIP-seq с Bioconductor в R

Очистка данных

  • Удалить дублирующиеся риды.
  • Удалить риды с множественным картированием.
  • Удалить риды с низким качеством картирования.
  • Удалить пики в blacklisted-регионах.
ChIP-seq с Bioconductor в R

Очистка данных

  • Удалить дублирующиеся риды.
  • Удалить риды с множественным картированием.
  • Удалить риды с низким качеством картирования.
  • Удалить пики в blacklisted-регионах.
ChIP-seq с Bioconductor в R

Очистка данных

  • Удалить дублирующиеся риды.
  • Удалить риды с множественным картированием.
  • Удалить риды с низким качеством картирования.
  • Удалить пики в blacklisted-регионах.
    • Blacklisted-регионы доступны в проекте ENCODE.
ChIP-seq с Bioconductor в R

Давайте потренируемся!

ChIP-seq с Bioconductor в R

Preparing Video For Download...