Представление сетевых данных с помощью pandas

Средний уровень сетевого анализа на Python

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

CSV-файлы для хранения сетевых данных

  • CSV-файл
person,party,weight
Barrett.Samuel,LondonEnemies,1
Barrett.Samuel,StAndrewsLodge,1
Marshall.Thomas,LondonEnemies,1
Eaton.Joseph,TeaParty,1
Bass.Henry,LondonEnemies,1
Средний уровень сетевого анализа на Python

CSV-файлы для хранения сетевых данных

  • Преимущества:
    • Человекочитаемый формат
    • Дополнительный анализ с помощью pandas
  • Недостатки:
    • Избыточность; занимает место на диске
  • Два DataFrame: список узлов и список рёбер
Средний уровень сетевого анализа на Python

Список узлов и список рёбер

  • Список узлов
    • Каждая строка — один узел
    • Столбцы содержат метаданные узла
  • Список рёбер
    • Каждая строка — одно ребро
    • Столбцы содержат метаданные ребра
Средний уровень сетевого анализа на Python

pandas и графы

list(G.nodes(data=True))

[(0, {'bipartite': 0}),
(1, {'bipartite': 0}),
(2, {'bipartite': 0}),
...]

nodelist = []

for n, d in G.nodes(data=True):
    node_data = dict() 
    node_data['node'] = n

    node_data.update(d)

    nodelist.append(node_data)
Средний уровень сетевого анализа на Python

pandas и графы

nodelist

[{'bipartite': 0, 'node': 0},
{'bipartite': 0, 'node': 1},
{'bipartite': 0, 'node': 2},
{'bipartite': 0, 'node': 3},
{'bipartite': 0, 'node': 4},...]
Средний уровень сетевого анализа на Python

pandas и графы

import pandas as pd
pd.DataFrame(nodelist)

  bipartite  node
0           0     0
1           0     1
2           0     2
3           0     3
4           0     4
5           1     5
6           1     6
7           1     7

pd.DataFrame(nodelist).to_csv('my_file.csv')
Средний уровень сетевого анализа на Python

Давайте потренируемся!

Средний уровень сетевого анализа на Python

Preparing Video For Download...