Documentation

Créer des paquetages Python

James Fulton

Climate informatics researcher

Pourquoi inclure de la documentation ?

  • Aide vos utilisateurs à utiliser votre code
  • Documenter chaque
    • Fonction
    • Classe
    • Méthode de classe
import numpy as np
help(np.sum)
...
sum(a, axis=None, dtype=None, out=None)
    Sum of array elements over a given axis.

    Parameters
    ----------
    a : array_like
        Elements to sum.
    axis : None or int or tuple of ints, optional
        Axis or axes along which a sum is performed.  
        The default, axis=None, will sum all of the 
        elements of the input array.
...
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    • Classe
    • Méthode de classe
import numpy as np
help(np.array)
...
    array(object, dtype=None, copy=True)

    Create an array.

    Parameters
    ----------
    object : array_like
        An array, any object exposing the array 
        interface ...
    dtype : data-type, optional
        The desired data-type for the array. 
    copy : bool, optional
        If true (default), then the object is copied.
...
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Pourquoi inclure de la documentation ?

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    • Fonction
    • Classe
    • Méthode de classe
import numpy as np
x = np.array([1,2,3,4])
help(x.mean)
...
mean(...) method of numpy.ndarray instance
    a.mean(axis=None, dtype=None, out=None)

    Returns the average of the array elements 
    along given axis.

    Refer to `numpy.mean` for full documentation.
...
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Documentation de fonction

def count_words(filepath, words_list):

""" ... """
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Documentation de fonction

def count_words(filepath, words_list):

"""Compter le nombre total d'occurrences de ces mots."""
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Documentation de fonction

def count_words(filepath, words_list):

"""Compter le nombre total d'occurrences de ces mots. Le calcul est effectué sur un fichier texte à l'emplacement indiqué. """
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Documentation de fonction

def count_words(filepath, words_list):

"""Compter le nombre total d'occurrences de ces mots. Le calcul est effectué sur un fichier texte à l'emplacement indiqué. [expliquer ce que sont filepath et words_list] [ce qui est retourné] """
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Style de documentation

Style de documentation Google

"""Ligne sommaire.

Description détaillée de la fonction.

Args:
    arg1 (int): Description de arg1
    arg2 (str): Description de arg2

Style NumPy

    """Ligne sommaire.

    Description détaillée de la fonction.

    Parameters
    ----------
    arg1 : int
        Description de arg1 ...

    Returns
    ----------
    numpy.ndarray

Style reStructuredText

    """Ligne sommaire.

    Description détaillée de la fonction.

    :param arg1: Description de arg1
    :type arg1: int
    :param arg2: Description de arg2
    :type arg2: str

Style Epytext

"""Ligne sommaire.

  Description détaillée de la fonction.

  @type arg1: int
  @param arg1:  Description de arg1
  @type arg2: str
  @param arg2: Description de arg2
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Style de documentation NumPy

Populaire dans les bibliothèques scientifiques Python comme

  • numpy
  • scipy
  • pandas
  • sklearn
  • matplotlib
  • dask
  • etc.
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Style de documentation NumPy

import scipy
help(scipy.percentile)
percentile(a, q, axis=None, out=None, overwrite_input=False, interpolation='linear')
    Compute the q-th percentile of the data along the specified axis.

    Returns the q-th percentile(s) of the array elements.


Parameters ----------
a : array_like
Input array or object that can be converted to an array.

Other types include - int, float, bool, str, dict, numpy.array, etc.

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Style de documentation NumPy

import scipy
help(scipy.percentile)
percentile(a, q, axis=None, out=None, overwrite_input=False, interpolation='linear')
    ...
    Parameters
    ----------
    ...
    axis : {int, tuple of int, None}
    ...
    interpolation : {'linear', 'lower', 'higher', 'midpoint', 'nearest'}
  • Indiquez plusieurs types pour un paramètre si pertinent
  • Énumérez les valeurs acceptées s'il n'y a que quelques options valides
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Style de documentation NumPy

import scipy
help(scipy.percentile)
percentile(a, q, axis=None, out=None, overwrite_input=False, interpolation='linear')
    ...
    Returns
    -------
    percentile : scalar or ndarray
        If `q` is a single percentile and `axis=None`, then the result
        is a scalar. If multiple percentiles are given, first axis of
        the result corresponds to the percentiles...
    ...
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Style de documentation NumPy

Autres sections

  • Raises
  • See Also
  • Notes
  • References
  • Examples
1 https://numpydoc.readthedocs.io/en/latest/format.html
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Modèles et conversion de style de documentation

  • pyment peut générer des docstrings
  • Exécuter depuis le terminal
  • Tout style de documentation parmi
    • Google
    • Numpydoc
    • reST (reStructuredText)
    • Javadoc (epytext)
  • Convertir la documentation d'un style à un autre
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Modèles et conversion de style de documentation

pyment -w -o numpydoc textanalysis.py
def count_words(filepath, words_list):
    # Open the text file
    ...
    return n
  • -w - écraser le fichier
  • -o numpydoc - sortie au format NumPy
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Modèles et conversion de style de documentation

pyment -w -o numpydoc textanalysis.py
def count_words(filepath, words_list):
    """

    Parameters
    ----------
    filepath :

    words_list :


    Returns
    -------
    type
    """
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Traduire vers le style Google

pyment -w -o google textanalysis.py
def count_words(filepath, words_list):
    """Compter le nombre total d'occurrences de ces mots.

    Le calcul est effectué sur un fichier texte à l'emplacement indiqué.

    Parameters
    ----------
    filepath : str
        Path to text file.
    words_list : list of str
        Count the total number of appearances of these words.

    Returns
    -------

    """
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Traduire vers le style Google

pyment -w -o google textanalysis.py
def count_words(filepath, words_list):
    """Compter le nombre total d'occurrences de ces mots.

    Le calcul est effectué sur un fichier texte à l'emplacement indiqué.

    Args:
      filepath(str): Path to text file.
      words_list(list of str): Count the total number of appearances of these words.

    Returns:


    """
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Documentation de progiciel, sous-progiciel et module

mysklearn/__init__.py

"""
Régression linéaire pour Python
===============================

mysklearn est un progiciel complet pour implémenter
la régression linéaire en Python.
"""

mysklearn/preprocessing/__init__.py

"""
Un sous-progiciel pour les opérations de prétraitement standard.
"""

 

mysklearn/preprocessing/normalize.py

"""
Un module pour normaliser les données.
"""
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Passons à la pratique !

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