Le rôle de S4 dans Bioconductor

Introduction à Bioconductor en R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

Points positifs

CRAN, simple mais puissant
Souple et interactif
Utilise une fonction générique
La fonctionnalité dépend du premier argument
Exemple : plot() et methods(plot)

Points négatifs

Valide mal les types et les conventions de nommage (point ou pas de point ?)
L'héritage fonctionne, mais dépend de l'entrée

S4

Points positifs

Définition formelle des classes
Réutilisabilité dans Bioconductor
Validation des types
Conventions de nommage

Exemple : myDescriptor <- new("GenomeDescription")

Points négatifs

Structure plus complexe que S3

S4 ou non ?

Vérifier si un objet est S4

isS4(myDescriptor)

TRUE

str des objets S4 commence par Formal class

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

Définition d'une classe S4

Une classe décrit une représentation

name
slots (méthodes/champs)
contains (définition de l'héritage)

MyEpicProject <- setClass(# Définir le nom de classe en UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Définir les slots, utile pour la validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Définir l'héritage        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

Résumé de l'objet

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

Passons à la pratique !

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