Évaluation de la qualité de séquences multiples et en parallèle

Introduction à Bioconductor en R

Paula Andrea Martinez, PhD.

Data Scientist

Rqc

library(Rqc)
  • Utilise des ensembles de logiciels Bioconductor déjà vus :
    • Biostrings, IRanges, methods, S4vectors
  • Nouveaux ensembles à explorer dans les cours Bioconductor suivants :
    • Rsamtools, GenomicAlignments, GenomicFiles, BiocParallel
  • Ensembles CRAN :
    • Knitr, dplyr, markdown, ggplot2, digest, shiny et Rcpp
Introduction à Bioconductor en R

rqcQA

library(Rqc)
files <- # obtenir le chemin complet des fichiers à évaluer
qaRqc <- rqcQA(files) 

# exploration de qaRqc
class(qaRqc) # "list"
names(qaRqc) # noms des fichiers en entrée

# pour chaque fichier
qaRqc[1]
# la classe des résultats est RqcResultSet
Introduction à Bioconductor en R

Arguments de rqcQA

library(Rqc)

# obtenir le chemin des fichiers à évaluer
files <- "data/seq1.fq" "data/seq2.fq" "data/seq3.fq" "data/se4.fq"

qaRqc <- rqcQA(files, workers = 4)

# échantillon de séquences
set.seed(1111)

qaRqc_sample <- rqcQA(files, workers = 4, sample = TRUE, n = 500))

# fichiers en lectures appariées (paired-end)
pfiles <- "data/seq_11.fq" "data/seq1_2.fq" "data/seq2_1.fq" "data/seq2_2.fq"

qaRqc_paired <- rqcQA(pfiles, workers = 4, pair = c(1, 1, 2, 2)))
Introduction à Bioconductor en R

rqcReport et rqcResultSet

# créer un rapport
reportFile <- rqcReport(qaRqc, templateFile = "myReport.Rmd")

browseURL(reportFile)

# La classe de qaRqc est rqcResultSet
methods(class = "RqcResultSet")
Introduction à Bioconductor en R

perFileInformation

qaRqc <- rqcQA(files, workers = 4)) 
perFileInformation(qaRqc)

filename          pair format  group  reads total.reads   path 
SRR7760274.fastq  1    FASTQ    None  1e+06     2404795 ./data
SRR7760275.fastq  2    FASTQ    None  1e+06     1508139 ./data
SRR7760276.fastq  3    FASTQ    None  1e+06     1950463 ./data
SRR7760277.fastq  4    FASTQ    None  1e+06     2629588 ./data
Introduction à Bioconductor en R

Fonctions de tracé

Fonctions de tracé rqc Fonctions de tracé rqc
rqcCycleAverageQualityPcaPlot() rqcGroupCycleAverageQualityPlot()
rqcCycleAverageQualityPlot() rqcReadQualityBoxPlot()
rqcCycleBaseCallsLinePlot() rqcReadQualityPlot()
rqcCycleBaseCallsPlot() rqcReadWidthPlot()
rqcCycleGCPlot() rqcReadFrequencyPlot()
rqcCycleQualityBoxPlot() rqcCycleQualityPlot()
Introduction à Bioconductor en R

tracés en lignes des appels de bases par cycle

Introduction à Bioconductor en R

GARDER SON CALME

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