Le projet Bioconductor

Introduction à Bioconductor en R

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Bioconductor

Bioconductor

1 Bioconductor (www.bioconductor.org)
Introduction à Bioconductor en R

Que mesure-t-on et pourquoi ?

  • Structure : éléments, régions, taille, ordre, relations

structure-parts

  • Fonction : expression, niveaux, régulation, phénotypes

function

Introduction à Bioconductor en R

Comment installer des packages Bioconductor ?

  • Bioconductor a son propre dépôt et sa méthode d'installation de packages
# Install BiocManager
install.packages("BiocManager")

# Install the GenomicRanges package
BiocManager::install("GenomicRanges")
Introduction à Bioconductor en R

Version de Bioconductor et version des packages

# Load BiocManager
library(BiocManager)


# Check Bioconductor version
version()
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Vérifier les versions des packages

# Load GenomicRanges
library(GenomicRanges)


# Check versions for reproducibility
sessionInfo()
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Mises à jour des packages

# Check for package updates
valid()
Introduction à Bioconductor en R

Passons à la pratique !

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