Transformations spatiales

Analyse d'images biomédicales en Python

Stephen Bailey

Instructor

Base de données OASIS

logo OASIS

Variabilité marquée

ensemble de cerveaux

Enregistrement

Aligner les images sur un gabarit
Réduire la variabilité spatiale
Gabarits :
- peuvent représenter plusieurs sujets
- peuvent être une image « moyenne »
Nécessite plusieurs transformations spatiales

trois images en enregistrement

Les transformations affines préservent points, lignes et plans

exemple de transformation

Translation

tête décalée

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi

im=imageio.imread('OAS1036-2d.dcm')
im.shape

(256, 256)

com = ndi.center_of_mass(im)

d0 = 128 - com[0]
d1 = 128 - com[1]

xfm = ndi.shift(im, 
          shift=[d0, d1])

Rotation

ndi.rotate(im,
           angle=25,
           axes=(0,1))

tête pivotée

Rotation d'image

xfm = ndi.rotate(im, angle=25)

xfm.shape

(297, 297)

rotation avec redimensionnement

xfm = ndi.rotate(im, angle=25, 
              reshape=False)
xfm.shape

(256, 256)

rotation sans redimensionnement

Matrice de transformation

Matrice de transformation : appliquée à une image pour l'enregistrement.

Les éléments de la matrice encodent des « instructions » pour diverses transformations affines.

image avec quatre transformations

Application d'une matrice de transformation

# Identity matrix
mat = [[1, 0, 0],
       [0, 1, 0],
       [0, 0, 1]]

xfm = ndi.affine_transform(im, 
                           mat)

image originale

# Translate and rescale
mat = [[0.8, 0,   -20],
       [0,   0.8, -10],
       [0,   0,   1]]
xfm = ndi.affine_transform(im,
                           mat)

image transformée

Passons à la pratique !

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