Aperçu de l'analyse DE

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Revoir l'ensemble de données et la question

expérience sur la fibrose

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Aperçu de l'analyse DE

Flux de travail DESeq2

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Flux de travail DESeq2 - modèle

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Flux de travail DESeq2 : modèle

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

objet DESeq

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Flux de travail DESeq2 : formule de conception

exemple de métadonnées

# Design formula 
~ strain + sex + treatment
RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Flux de travail DESeq2 : formule de conception

exemple de métadonnées

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment
RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Flux de travail DESeq2 : exécution

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

objet DESeq

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Passons à la pratique !

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