Normalisation des décomptes

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

flux de travail — normalisation

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Normalisation des décomptes

méthodes de normalisation

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Normalisation par profondeur de bibliothèque

méthodes de normalisation

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

méthodes de normalisation

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Effet de composition de la bibliothèque

composition de l'ARN — normalisation

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Normalisation DESeq2

exemple médiane des ratios

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Décomptes normalisés : calcul

dds_wt <- estimateSizeFactors(dds_wt)

sizeFactors(dds_wt)

facteurs de taille

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Décomptes normalisés : extraction

normalized_wt_counts <- counts(dds_wt, normalized=TRUE)

View(normalized_wt_counts)

décomptes normalisés

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Passons à la pratique !

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