Analyse d'expression différentielle

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Analyse d'expression différentielle : vignette DESeq2

vignette(DESeq2)

Vignette DESeq2

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

exploration de la vignette

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

flux de travail DESeq2

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Importer des données pour DESeq2

# Read in raw counts
wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv") 
View(wt_rawcounts)

comptes bruts fibrosis wt

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Importer des données pour DESeq2 : métadonnées

# Read in metadata
wt_metadata <- read.csv("fibrosis_wt_metadata_unordered.csv") 
View(wt_metadata)

métadonnées fibrosis wt

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Passons à la pratique !

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

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