Aperçu de l'expression génique différentielle

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

carte thermique des variations de repli

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

variation des comptes normalisés

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

article JCI

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Introduction à l'ensemble de données : Smoc2

fibrose rénale

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

expérience RNA-Seq

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Répartition des comptes RNA-Seq

ggplot(raw_counts) +
  geom_histogram(aes(x = wt_normal1), stat = "bin", bins = 200) +
  xlab("Raw expression counts") +
  ylab("Number of genes")

répartition des comptes

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Préparation à l'analyse différentielle : objet DESeq2

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

données de comptes

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Préparation à l'analyse différentielle : métadonnées

# Create vectors containing metadata for the samples
genotype <- c("wt", "wt", "wt", "wt", "wt", "wt", "wt") 
condition <- c("normal", "fibrosis", "normal", 
               "fibrosis", "normal", "fibrosis", "fibrosis") 

# Combine vectors into a data frame
wt_metadata <- data.frame(genotype, wildtype)


# Create the row names with the associated sample names
rownames(wt_metadata) <- c("wt_normal3", "wt_fibrosis3", "wt_normal1", 
                "wt_fibrosis2", "wt_normal2", "wt_fibrosis4", "wt_fibrosis1")
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Préparation à l'analyse différentielle : métadonnées

métadonnées

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Passons à la pratique !

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