Enchaînement RNA-Seq

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Enchaînement RNA-Seq : plan expérimental

  réplicats biologiques

  • Réplications techniques : Variation technique généralement faible, donc inutiles.

  • Réplications biologiques : Essentielles pour l'analyse d'expression différentielle en RNA-Seq. Plus il y en a, mieux c'est; au minimum 3.

  • Effets de lot : À éviter autant que possible et consigner toutes les variables expérimentales.

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enchaînement

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préparation RNA-Seq

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CQ

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Enchaînement RNA-Seq : contrôle de qualité

Qualité des lectures

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Alignement

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Enchaînement RNA-Seq : alignement

Alignement au génome

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Quantification

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Enchaînement RNA-Seq : matrice de dénombrement

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

Matrice de dénombrement

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Enchaînement complet

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exemples de résultats

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Enchaînement complet

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À vous de jouer !

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