Analyses de regroupement non supervisé

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Mary Piper

Instructor

Flux DESeq2 - CQ

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Analyses non supervisées : transformation logarithmique

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)
RNA-Seq avec Bioconductor dans R

exemple de carte thermique

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Regroupement hiérarchique avec cartes thermiques de corrélation

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

matrice de corrélation

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Regroupement hiérarchique avec cartes thermiques de corrélation

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))
RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Regroupement hiérarchique avec cartes thermiques de corrélation

carte thermique du type sauvage

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Passons à la pratique !

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

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