Analyse en composantes principales

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

Exemple d'ACP

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Analyse en composantes principales (ACP) : théorie

ACP : 2 échantillons

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Analyse en composantes principales (ACP) : théorie

PC2

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Analyse en composantes principales (ACP) : théorie

Influence des CP

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Analyse en composantes principales (ACP) : théorie

Influence de l'ACP

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Analyse en composantes principales (ACP) : théorie

Influence de l'ACP

Sample1 PC1 score = (4 * -2) + (1 * -10) + (8 * 8) + (5 * 1) = 51
Sample1 PC2 score = (4 * 0.5) + (1 * 1) + (8 * -5) + (5 * 6) = -7 

Sample2 PC1 score = (5 * -2) + (4 * -10) + (8 * 8) + (7 * 1) = 21
Sample2 PC2 score = (5 * 0.5) + (4 * 1) + (8 * -5) + (7 * 6) = 8.5
RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Valeurs d'échantillons ACP

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Exemple d'ACP

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

Analyse en composantes principales (ACP) : théorie

# Plot PCA 
plotPCA(vsd_wt, intgroup="condition")

ACP DESeq2

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Passons à la pratique !

RNA-Seq avec Bioconductor dans R

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