Visualiser le modèle de Cox

Analyse de survie avec R

Heidi Seibold

Statistician at LMU Munich

Étapes pour visualiser un modèle de Cox

Calculer le modèle de Cox
Choisir des combinaisons de covariables (« patients fictifs »)
Calculer les courbes de survie
Créer un data.frame avec l'information des courbes
Tracer

Étape 1 : calculer le modèle de Cox

cxmod <- coxph(Surv(time, cens) ~ horTh + tsize, data = GBSG2)

Choisir des combinaisons de covariables (« patients fictifs »)

newdat <- expand.grid(
  horTh = levels(GBSG2$horTh),
  tsize = quantile(GBSG2$tsize, probs = c(0.25, 0.5, 0.75))   )
rownames(newdat) <- letters[1:6]
newdat

  horTh tsize
a    no    20
b   yes    20
c    no    25
...

Étape 2 : calculer les courbes de survie

cxsf <- survfit(cxmod, data = GBSG2, newdata = newdat, conf.type = "none")

str(cxsf)

List of 10
$ n       : int 686
$ time    : num [1:574] 8 15 16 17 18 29 42 46 57 63 ...
$ n.risk  : num [1:574] 686 685 684 683 681 680 679 678 677 676 ...
$ n.event : num [1:574] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ n.censor: num [1:574] 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 ...
$ surv    : num [1:574, 1:6] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : chr [1:6] "a" "b" "c" "d" ...
$ type    : chr "right"
$ cumhaz  : num [1:574, 1:6] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ std.err : num [1:574, 1:6] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ call    : language survfit(formula = cxmod, newdata = newdat, conf.type = "none", data = GBSG2)
  - attr(*, "class")= chr [1:2] "survfit.cox" "survfit"

Étape 3 : créer un data.frame avec l'information des courbes

surv_cxmod0 <- surv_summary(cxsf)
head(surv_cxmod0)

   time n.risk n.event n.censor surv std.err upper lower strata
 1    8    686       0        1    1       0    NA    NA      a
 2   15    685       0        1    1       0    NA    NA      a
 3   16    684       0        1    1       0    NA    NA      a
 4   17    683       0        2    1       0    NA    NA      a
 5   18    681       0        1    1       0    NA    NA      a
 6   29    680       0        1    1       0    NA    NA      a

surv_cxmod <- cbind(surv_cxmod0,
                    newdat[as.character(surv_cxmod0$strata), ])

Étape 4 : tracer

ggsurvplot_df(surv_cxmod, linetype = "horTh", color = "tsize",
  legend.title = NULL, censor = FALSE)

À vous de visualiser maintenant !

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