Visualisation de réseaux

Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Eric Ma

Data Carpentry instructor and author of nxviz package

Visualisations irrationnelles vs rationnelles

Deux représentations de grands graphes. Dans les deux cas, la structure est brouillonne, comme une pelote, ce qui la rend difficile à interpréter.

Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Visualiser des réseaux

  • Graphiques matriciels
  • Graphiques en arcs
  • Graphiques Circos
Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Visualiser des réseaux

  • Graphiques matriciels
  • Graphiques en arcs
  • Graphiques Circos
Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Graphique matriciel

Une matrice 3 par 3 avec les colonnes A, B et C, et les lignes aussi A, B et C. Les cellules sont noircies lorsque les nœuds correspondants du graphe sont reliés. À côté, un graphe avec trois nœuds A, B et C : A est relié à B et à C, mais B et C ne sont pas directement reliés.

Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Graphique matriciel

La même matrice et le même graphe, mais la diagonale de la matrice est maintenant grisée.

Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Graphique matriciel

La même matrice et le même graphe, mais les cellules (A, B) et (B, A) sont en jaune. L'arête entre A et B dans le graphe est aussi en jaune.

Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Graphique matriciel

La même matrice et le même graphe, mais les cellules (A, C) et (C, A) sont en jaune. L'arête entre A et C dans le graphe est aussi en jaune.

Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Matrices orientées

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Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Visualiser des réseaux

  • Graphiques matriciels
  • Graphiques en arcs
  • Graphiques Circos
Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Graphique en arcs

Deux graphes de trois nœuds chacun. Les deux ont A, B et C, avec des arêtes entre A et B, et entre A et C. Le premier aligne les nœuds en ligne et trace des arêtes courbes. Le second place les nœuds dans un plan avec des arêtes droites.

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Visualiser des réseaux

  • Graphiques matriciels
  • Graphiques en arcs
  • Graphiques Circos
Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Graphique Circos

ch1-3.018.png

Introduction à l'analyse des réseaux en Python

Graphique Circos

Deux graphes de six nœuds chacun. À gauche, les nœuds sont en cercle avec des arcs circulaires pour les arêtes. À droite, les nœuds sont placés aléatoirement avec des arêtes droites.

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API nxviz

import nxviz as nv
import matplotlib.pyplot as plt

ap = nv.arc(G)

plt.show()
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Passons à la pratique !

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