Tracer une régression de Poisson

Modèles linéaires généralisés (GLM) en R

Richard Erickson

Instructor

Quand utiliser geom_smooth avec Poisson

Idéal avec des variables continues comme prédicteurs
p. ex., dose croissante et nombre de cellules cancéreuses par cm$^2$
Sinon, utilisez un diagramme en boîtes ou un outil similaire

Étude : dose vs cellules cancéreuses

Simuler des données
Réponse à la dose
- x : Dose
- y : Nombre de cellules cancéreuses par cm$^2$

Tracer les points

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
    geom_point()

ggplot avec des points

Points avec jitter

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)

Exemple de points décalés (jitter) avec ggplot2.

geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth()

Exemple de geom_smooth() par défaut sur des points avec jitter

GLM avec geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05)
   geom_smooth(method = 'glm')

Exemple de GLM avec geom_smooth() et GLM par défaut, un LM

GLM de Poisson avec geom_smooth()

ggplot(data = dat, aes(x = dose, y = cells)) +
   geom_jitter(width = 0.05, height = 0.05) +
   geom_smooth(method = 'glm', method.args = list(family = 'poisson'))

Exemple de tracé de régression de Poisson

Étapes : résumé

Tracer des points non superposés
Ajouter la courbe de tendance de Poisson
Peaufiner la figure (non fait ici)

Passons à la pratique !

Modèles linéaires généralisés (GLM) en R