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Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

John Blischak

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Histogrammes des valeurs p

  • Fonction limma topTable

  • Préciser le contraste

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

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Graphique volcan

  • Fonction limma volcanoplot

  • Axe des x : variation logarithmique (fold change) d'expression entre groupes contrastés

  • Axe des y : log des cotes de l'expression différentielle

  • Préciser le contraste, p. ex. coef = "dox_wt"

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Test d'enrichissement KEGG

  • Fonctions limma kegga et topKEGG

  • Préciser le contraste, p. ex. coef = "dox_wt"

  • Indiquer l'espèce souris avec species = "Mm"

    • Mm == Mus musculus
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Passons à la pratique !

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