Analyse d'expression différentielle

Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

John Blischak

Instructor

Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

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Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

Quel est l'objectif d'une analyse d'expression différentielle ?

  • Repérer les gènes associés à un phénotype d'intérêt
  • Exemples :
    • Réponse à un stimulus comme un médicament
    • Changements au cours du développement
    • Effet d'une mutation génétique
Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

Pourquoi l'expression différentielle ?

  • Nouveauté

    • Y a‑t‑il d'autres gènes d'intérêt ?

  • Contexte

    • La mesure pour un gène donné est‑elle unique ou fréquente ?

  • Systèmes

    • Quelles voies biologiques sont importantes ?
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De nombreuses étapes pour mener une expérience

  • Concevoir l'étude
  • Réaliser l'expérience
  • Recueillir les données
  • Prétraiter les données
  • Explorer les données
  • Tester les données
  • Interpréter les résultats
  • Partager les résultats
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Mises en garde

  • Les mesures sont relatives, non absolues

  • Les méthodes statistiques ne sauvent pas une étude mal conçue

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Passons à la pratique !

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