Prétraiter les données

Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

John Blischak

Instructor

Mécanisme de la cardiotoxicité induite par la doxorubicine

  • Plan factoriel 2x2 pour étudier le mécanisme de la doxorubicine :
    • 2 génotypes : type sauvage (wt), Top2b nul (top2b)
    • 2 traitements : PBS (pbs), doxorubicine (dox)
    • Zhang et al. 2012
dim(eset)

Features  Samples 
   29532       12

table(pData(eset)[, c("genotype", "treatment")])

        treatment
genotype dox pbs
   top2b   3   3
   wt      3   3
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Inspecter les caractéristiques

plotDensities(eset, 
    group = pData(eset)[, "genotype"], 
    legend = "topright")

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Étapes de prétraitement

  • Transformation logarithmique

  • Normalisation par quantiles

  • Filtrage

Analyse d'expression différentielle avec limma dans R

Vérification : boîte à moustaches de Top2b

boxplot(<y-axis> ~ <x-axis>, main = "<title>")

boxplot(<gene expression> ~ <phenotype>, main = "<feature>")

boxplot(<Top2b expression> ~ <genotype>, main = "<Top2b info>")
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Vérifier les sources de variation

  • Analyse en composantes principales

  • Fonction limma plotMDS

  • Combien de grappes anticipez-vous ?

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Passons à la pratique !

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