Tracer des interactions GAM

Modélisation non linéaire avec les Generalized Additive Models (GAM) en R

Noam Ross

Senior Research Scientist, EcoHealth Alliance

Utiliser plot() de mgcv avec des interactions.

plot(mod_2d)

Utiliser plot() de mgcv avec des interactions

plot(mod_2d, scheme = 1)

Utiliser plot() de mgcv avec des interactions

plot(mod_2d, scheme = 2)

Personnaliser les graphiques d'interaction avec vis.gam()

vis.gam(x,
        view = NULL,
        cond = list(),
        n.grid = 30,
        too.far = 0,
        col = NA,
        color = "heat",
        contour.col = NULL,
        se = -1,
        type = "link",
        plot.type = "persp",
        zlim = NULL,
        nCol = 50,
        ...)

Personnaliser les graphiques d'interaction avec vis.gam()

vis.gam(x = mod,                # objet GAM
        view = c("x1", "x2"),   # variables
        plot.type = "persp")    # type de graphique

Personnaliser les graphiques d'interaction avec vis.gam() (2)

vis.gam(x = mod,                # objet GAM
        view = c("x1", "x2"),   # variables
        plot.type = "contour")  # type de graphique

Personnaliser les graphiques d'interaction avec vis.gam()

vis.gam(mod, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour", too.far = 0.1)
vis.gam(mod, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour", too.far = 0.05)

Options pour les graphiques en perspective

vis.gam(x = mod, view = c("x1", "x2"), 
        plot.type = "persp", se = 2)

Options pour les graphiques en perspective

vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "persp", 
                                 theta = 220)
vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "persp", 
                                 phi = 55)
vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "persp", 
                                 r = 0.1)

Options pour les courbes de niveau

vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour",
                                 color = "gray")
vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour",
                                 contour.col = "blue")
vis.gam(g, view = c("x1", "x2"), plot.type = "contour",
                                 nlevels = 20)

Passons à la pratique !

Modélisation non linéaire avec les Generalized Additive Models (GAM) en R