Tests d'hypothèses

Études de cas en pensée statistique

Justin Bois

Lecturer, Caltech

Effets d'une mutation sur l'activité

1 Données aimablement fournies par Avni Gandhi, Grigogios Oikonomou et David Prober, Caltech
Études de cas en pensée statistique

Définitions de génotype

  • Type sauvage : aucune mutation

  • Hétérozygote : mutation sur un des deux chromosomes

  • Mutant : mutation sur les deux chromosomes
Études de cas en pensée statistique

Effets d'une mutation sur l'activité

1 Données aimablement fournies par Avni Gandhi, Grigogios Oikonomou et David Prober, Caltech
Études de cas en pensée statistique

Effets d'une mutation sur l'activité

1 Données aimablement fournies par Avni Gandhi, Grigogios Oikonomou et David Prober, Caltech
Études de cas en pensée statistique

Test d'hypothèse

Évaluation du caractère raisonnable des données observées en supposant qu'une hypothèse est vraie

Études de cas en pensée statistique

Valeur p

La probabilité d'obtenir une valeur de votre statistique de test au moins aussi extrême que celle observée, en supposant que l'hypothèse nulle est vraie

Études de cas en pensée statistique

Statistique de test

  • Un seul nombre calculé à partir des données observées et de données simulées sous l'hypothèse nulle

  • Sert de base de comparaison
Études de cas en pensée statistique

Valeur p

La probabilité d'obtenir une valeur de votre statistique de test au moins aussi extrême que celle observée, en supposant que l'hypothèse nulle est vraie

Exige de préciser clairement :

  • Une hypothèse nulle simulable
  • Une statistique de test calculable sur les données observées et simulées
  • La définition de au moins aussi extrême que
Études de cas en pensée statistique

Démarche pour tester une hypothèse

  • Énoncer clairement l'hypothèse nulle
  • Définir la statistique de test
  • Générer de nombreux jeux de données simulées en supposant l'hypothèse nulle vraie
  • Calculer la statistique de test pour chaque jeu simulé
  • La valeur p est la fraction des jeux simulés pour lesquels la statistique est au moins aussi extrême que pour les données réelles
Études de cas en pensée statistique

Spécifier le test

Hypothèse nulle : les durées de périodes actives des poissons de type sauvage et hétérozygotes ont la même distribution

Statistique de test : différence de durée moyenne des périodes actives entre hétérozygotes et type sauvage

Au moins aussi extrême que : la statistique de test est supérieure ou égale à la valeur observée

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Test de permutation

Pour chaque réplique :

  • Mélanger les étiquettes des points de données
  • Calculer la statistique de test
perm_reps = dcst.draw_perm_reps(
    data_a, data_b, dcst.diff_of_means, size=10000
)

La valeur p est la fraction des répliques au moins aussi extrêmes que l'observée

p_val = np.sum(perm_reps >= diff_means_obs) / len(perm_reps)
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Passons à la pratique !

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