Packages et espaces de noms

Programmation R défensive

Dr. Colin Gillespie

Jumping Rivers

Votre environnement global

L'environnement par défaut est .GlobalEnv
Les objets sont stockés dans des environnements
Pour voir le contenu, utilisez ls()
Cet environnement se remplit vite
On peut commencer à confondre des objets

n
# ou voulais-je
N

Forfaits et environnements

Les forfaits utilisent des espaces de noms comme espaces de noms
- Pensez à un espace de noms comme à une boîte qui contient le forfait
Un espace de noms aide à garder de l'ordre
- Un peu comme des dossiers

Fonctions exportées

library() vous donne un accès direct à cette boîte de forfait
library("dplyr") donne un accès direct aux fonctions exportées de dplyr

## 238 fonctions exportées
getNamespaceExports("dplyr")

Sinon, utilisez :: pour accéder directement à une fonction

## La fonction filter de dplyr
dplyr::filter

Les grands esprits se rencontrent

Parfois, des auteurs de forfaits proposent le même nom de fonction

## La fonction filter()
stats::filter()
dplyr::filter()

Si je tape filter(), quelle version j'obtiens ?
Ça dépend de l'ordre de chargement des forfaits !

Les grands esprits se rencontrent

search() à la rescousse

search()

# [1] ".GlobalEnv"         "package:dplyr"      "package:stats"  
# <Other packages>

Soyez sur vos gardes

Les conflits d'espaces de noms sont plus qu'ennuyants

Ils peuvent causer des bogues difficiles à diagnostiquer

Le forfait conflicted vise à rendre votre choix de fonction explicite

library("conflicted")
library("dplyr")

filter

#Error: [conflicted] `filter` found in 2 packages.
#Either pick the one you want with `::` 
# * dplyr::filter
# * stats::filter
#Or declare a preference with `conflict_prefer()`
# * conflict_prefer("filter", "dplyr")
# * conflict_prefer("filter", "stats")

Réveil en douceur

Programmation R défensive