Vecteurs de la STL

Optimiser le code R avec Rcpp

Romain François

Consulting Datactive, ThinkR

Vecteurs Rcpp vs vecteurs STL

Vecteurs Rcpp

Fins emballages autour des vecteurs R
Changement de taille coûteux : copie des données à chaque fois

Vecteurs STL

Indépendants des vecteurs R
Croissance/réduction peu coûteuse : copies amorties

Extraire les valeurs positives d'un vecteur

Code R vectorisé

extract_positives <- function(x){
    x[x>0]}

Code inefficace qui agrandit un vecteur dans une boucle

extract_positives_loop <- function(x){
    y <- numeric()
    for( value in x){
        if( value > 0 ){
            y <- c(x, y)}  }
    y
}

Extraire les valeurs positives : algorithme alternatif

Premier 🔃 pour compter la taille finale

NumericVector x ; 
int n = x.size() ;
int np = 0 ;
for( int i=0 ; i<n ; i++ ){ 
    if( ___ ){
        np++ ;
    }
}

Extraire les valeurs positives : algorithme alternatif

Créer un vecteur de la bonne taille

NumericVector result(np) ;

Deuxième 🔃 pour remplir le vecteur

for( int i=0, j=0 ; i<n ; i++ ){
    if( ___ ){
        result[j++] = x[i] ;
    }
}

Algorithme plus simple avec la STL

// [[Rcpp::export]]
std::vector<double> positives_stl( NumericVector x ){
    std::vector<double> out ;
    out.reserve( x.size() / 2 ) ;

    for( ___ ; ___ ; ___ ){
        if( ___ ){
            out.push_back(___) ;
        }
    }

    return out ;  
}

Passons à la pratique !

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