Bienvenue au cours

Jointure de données avec data.table en R

Scott Ritchie

Postdoctoral Researcher in Systems Genomics

Joindre des `data.table`

Combiner l'information de deux data.table en une seule data.table

Aperçu du cours

Chapitre 1 : Joindre des données avec merge()
Chapitre 2 : Jointures dans le flux de travail data.table
Chapitre 3 : Dépanner les jointures
Chapitre 4 : Concaténer et remodeler des data.table

Clés de table

Colonnes qui lient l'information entre deux tables

library(data.table)

demographics <- data.table(name   = c("Trey", "Matthew", "Angela"), 
                           gender = c(NA, "M", "F"), 
                           age    = c(54, 43, 39))

shipping <- data.table(name    = c("Matthew", "Trey", "Angela"), 
                       address = c("7 Mill road", "12 High street", 
                                   "33 Pacific boulevard"))

Inspecter les `data.table` dans votre session R

La fonction tables() affiche toutes les data.table chargées dans votre session R

tables()

           NAME NROW NCOL MB            COLS KEY
1: demographics    3    3  0 name,gender,age    
2:     shipping    3    2  0    name,address    
Total: 0MB

Inspecter les `data.table` dans votre session R

La fonction str() affiche le type de chaque colonne d'une seule data.table

str(demographics)

Classes 'data.table' and 'data.frame':    3 obs. of  3 variables:
 $ name  : chr  "Trey" "Matthew" "Angela"
 $ gender: chr  NA "M" "F"
 $ age   : num  54 43 39
 - attr(*, ".internal.selfref")=<externalptr>

Inspecter les `data.table` dans votre session R

demographics_all

         name sex age
  1:     Trey  NA  54
  2:  Matthew   M  43
  3:   Angela   F  39
  4: Michelle   F  63
  5:  Mohamed   M  26
 ---                 
102:  Patrick   M  27
103:      Wei   F  41
104:     Adam   M  33
105:  Somchai   M  53
106:     Alma   F  19

Passons à la pratique !

Jointure de données avec data.table en R