Définir et afficher les clés d'un data.table
Jointure de données avec data.table en R
Scott Ritchie
Postdoctoral Researcher in Systems Genomics
Définir des clés `data.table`
Définir des clés évite d'utiliser l'argument on lors d'une jointure
- Utile si vous utilisez un
data.tabledans plusieurs jointures
Trie le data.table en mémoire selon la ou les colonnes clés
- Accélère le filtrage et les jointures
Plusieurs colonnes peuvent être définies et utilisées comme clés
La fonction `setkey()`
Les colonnes clés sont passées en arguments
setkey(DT, ...)
setkey(DT, key1, key2, key3)setkey(DT, "key1", "key2", "key3")
# Pour définir toutes les colonnes de DT comme clés
setkey(DT)
La fonction `setkey()`
Définissez les clés des deux data.table avant une jointure
setkey(dt1, dt1_key)
setkey(dt2, dt2_key)
Effectuer des jointures interne, droite et gauche :
# Jointure interne de dt1 et dt2 dt1[dt2, nomatch = 0]# Jointure droite de dt1 et dt2 dt1[dt2]# Jointure gauche de dt1 et dt2 dt2[dt1]
Définir des clés par programmation
Les colonnes clés sont fournies sous forme de vecteur de caractères
keys <- c("key1", "key2", "key3")
setkeyv(dt, keys)
Obtenir les clés
haskey() vérifie si des clés sont définies
haskey(dt1)
TRUE
key() renvoie les colonnes clés définies
key(dt1)
"dt1_key"
Obtenir les clés
Quand aucune clé n'est définie
haskey(dt_no_key)
FALSE
key(dt_no_key)
NULL
Afficher tous les `data.table` et leurs clés
tables()
NAME NROW NCOL MB COLS KEY
[1,] dt 3 4 1 key1,key2,key3,value key1,key2,key3
[2,] dt1 1,000 3 1 dt1_key_column,value,group dt1_key
[3,] dt2 1,000 2 1 dt2_key_column,time dt2_key
[4,] dt_no_key 5 2 1 id,color
Total: 4MB
Passons à la pratique !
Jointure de données avec data.table en R
