Colonnes problématiques

Jointure de données avec data.table en R

Scott Ritchie

Postdoctoral Researcher in Systems Genomics

Noms de colonnes communs

Avec la syntaxe data.table

parents[children, on = .(name = parent)]

    name gender age    i.name i.gender i.age
1: Sarah      F  41    Oliver        M     5
2:   Max      M  43 Sebastian        M     8
3:   Qin      F  36   Kai-lee        F     7

Noms communs avec merge()

Avec la fonction merge()

merge(x = children, y = parents, by.x = "parent", by.y = "name")

   parent      name gender.x age.x gender.y age.y
1:    Max Sebastian        M     8        M    43
2:    Qin   Kai-lee        F     7        F    36
3:  Sarah    Oliver        M     5        F    41

Ajouter du contexte avec vos propres suffixes

L'argument suffixes peut ajouter du contexte utile :

merge(children, parents, by.x = "parent", by.y = "name", 
      suffixes = c(".child", ".parent"))

   parent      name gender.child age.child gender.parent age.parent
1:    Max Sebastian            M         8             M         43
2:    Qin   Kai-lee            F         7             F         36
3:  Sarah    Oliver            M         5             F         41

Renommer des colonnes

Renommer toutes les colonnes avec setnames()

setnames(parents, c("parent", "parent.gender", "parent.age"))

setnames(parents, old = c("gender", "age"), 
         new = c("parent.gender", "parent.age"))

parents

   parent parent.gender parent.age
1:  Sarah             F         41
2:    Max             M         43
3:    Qin             F         36

Joindre avec des `data.frames`

Les clés de jointure pour les data.frames peuvent se trouver dans les noms de lignes

parents

      gender age
Sarah      F  41
Max        M  43
Qin        F  36

parents <- as.data.table(parents, keep.rownames = "parent")
parents

   parent gender age
1:  Sarah      F  41
2:    Max      M  43
3:    Qin      F  36

Passons à la pratique !

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