Bioconductor में S4 की भूमिका

R में Bioconductor परिचय

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

S3

सकारात्मक

CRAN, सरल पर शक्तिशाली
लचीला और इंटरएक्टिव
एक generic फंक्शन का उपयोग
फंक्शनैलिटी पहले आर्ग्युमेंट पर निर्भर करती है
उदाहरण: plot() और methods(plot)

नकारात्मक

टाइप और नेमिंग कन्वेंशन की वैलिडेशन कमज़ोर (dot या नहीं?)
इनहेरिटेंस काम करता है, पर इनपुट पर निर्भर

S4

सकारात्मक

क्लासेज़ की औपचारिक परिभाषा
Bioconductor में पुन:उपयोग
टाइप वैलिडेशन मौजूद
नेमिंग कन्वेंशन

उदाहरण: myDescriptor <- new("GenomeDescription")

नकारात्मक

S3 की तुलना में संरचना जटिल

S4 है या नहीं?

जाँचें कि ऑब्जेक्ट S4 है या नहीं

isS4(myDescriptor)

TRUE

S4 ऑब्जेक्ट्स का str Formal class से शुरू होता है

str(myDescriptor)

Formal class 'GenomeDescription' [package "GenomeInfoDb"] with 7 slots
...

S4 क्लास परिभाषा

एक क्लास एक representation बताती है

name
slots (methods/fields)
contains (inheritance परिभाषा)

MyEpicProject <- setClass(# Define class name with UpperCamelCase
                          "MyEpicProject",
                          # Define slots, helpful for validation
                          slots = c(ini = "Date", 
                                    end = "Date", 
                                    milestone = "character"),
                          # Define inheritance        
                          contains = "MyProject")

.S4methods(class = "GenomeDescription")

 [1] coerce          commonName      organism        provider       
 [5] providerVersion releaseDate     releaseName     seqinfo        
 [9] seqnames        show            toString        bsgenomeName   
see '?methods' for accessing help and source code

showMethods(classes = "GenomeDescription", where = search())

ऑब्जेक्ट सारांश

show(myDescriptor)

| organism:  ()
| provider: 
| provider version: 
| release date: 
| release name: 
| ---
| seqlengths:

अभ्यास करते हैं!

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