मल्टीपल और पैरेलल सीक्वेंस क्वालिटी असेसमेंट

R में Bioconductor परिचय

Paula Andrea Martinez, PhD.

Data Scientist

Rqc

library(Rqc)

वे Bioconductor पैकेज जिनका आप पहले उपयोग कर चुके हैं:
- Biostrings, IRanges, methods, S4vectors
अगले Bioconductor कोर्स में देखने के लिए नए पैकेज:
- Rsamtools, GenomicAlignments, GenomicFiles, BiocParallel
CRAN पैकेज:
- Knitr, dplyr, markdown, ggplot2, digest, shiny, और Rcpp

rqcQA

library(Rqc)
files <- # जिन फाइलों का आप आकलन करना चाहते हैं, उनके full path लें
qaRqc <- rqcQA(files) 

# qaRqc को एक्सप्लोर करें
class(qaRqc) # "list"
names(qaRqc) # इनपुट फाइलों के नाम

# हर फाइल के लिए
qaRqc[1]
# परिणामों की class RqcResultSet है

rqcQA arguments

library(Rqc)

# जिन फाइलों का आप आकलन करना चाहते हैं, उनका path लें
files <- "data/seq1.fq" "data/seq2.fq" "data/seq3.fq" "data/se4.fq"

qaRqc <- rqcQA(files, workers = 4)

# sequences का sample
set.seed(1111)

qaRqc_sample <- rqcQA(files, workers = 4, sample = TRUE, n = 500))

# paired-end फाइलें
pfiles <- "data/seq_11.fq" "data/seq1_2.fq" "data/seq2_1.fq" "data/seq2_2.fq"

qaRqc_paired <- rqcQA(pfiles, workers = 4, pair = c(1, 1, 2, 2)))

rqcReport और rqcResultSet

# रिपोर्ट बनाएँ
reportFile <- rqcReport(qaRqc, templateFile = "myReport.Rmd")

browseURL(reportFile)

# qaRqc की class rqcResultSet है
methods(class = "RqcResultSet")

perFileInformation

qaRqc <- rqcQA(files, workers = 4)) 
perFileInformation(qaRqc)

filename          pair format  group  reads total.reads   path 
SRR7760274.fastq  1    FASTQ    None  1e+06     2404795 ./data
SRR7760275.fastq  2    FASTQ    None  1e+06     1508139 ./data
SRR7760276.fastq  3    FASTQ    None  1e+06     1950463 ./data
SRR7760277.fastq  4    FASTQ    None  1e+06     2629588 ./data

Plot functions

rqc Plot functions	rqc Plot functions
`rqcCycleAverageQualityPcaPlot()`	`rqcGroupCycleAverageQualityPlot()`
`rqcCycleAverageQualityPlot()`	`rqcReadQualityBoxPlot()`
`rqcCycleBaseCallsLinePlot()`	`rqcReadQualityPlot()`
`rqcCycleBaseCallsPlot()`	`rqcReadWidthPlot()`
`rqcCycleGCPlot()`	`rqcReadFrequencyPlot()`
`rqcCycleQualityBoxPlot()`	`rqcCycleQualityPlot()`

साइकिल-बेसकॉल-लाइन प्लॉट्स

शांत रहें

आप तैयार हैं!

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