हम पैटर्न्स में रुचि क्यों रखते हैं?

R में Bioconductor परिचय

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

सीक्वेंस पैटर्न्स

पैटर्न्स से हम क्या ढूँढ सकते हैं?

जीन का आरंभ
प्रोटीन का अंत
जीन अभिव्यक्ति को बढ़ाने/दबाने वाले क्षेत्र
जीवों के बीच संरक्षित क्षेत्र
आनुवंशिक विविधता

पैटर्न मैचिंग

Biostrings पैटर्न मैचिंग के लिए फंक्शन देता है
matchPattern(pattern, subject)
- 1 स्ट्रिंग से 1 स्ट्रिंग
vmatchPattern(pattern, subject)
- स्ट्रिंग्स का 1 सेट से 1 स्ट्रिंग
- 1 स्ट्रिंग से स्ट्रिंग्स का एक सेट

पलिंड्रोम्स

कभी odd या even नहीं

findPalindromes() # एकल सीक्वेंस में palindromic क्षेत्र ढूँढें

यह नई बायोलॉजी नहीं है

जेनेटिक कोड का पहला वर्णन 1963 में Nirenberg ने किया था On the coding of genetic information Nirenberg, Marshall et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1963, 28
रीडिंग फ्रेम के अनुसार अनुवाद कैसे बदलता है, इसका पहला वर्णन 1966 में Streisinger ने किया Frameshift Mutations and the Genetic Code Streisinger, George et al. Cold Spring Harb Symp Quant Biol 1966, 31: 77-84

# मूल dna सीक्वेंस
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC

# 6 संभावित रीडिंग फ्रेम्स, DNAStringSet
[1]    30 ACATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 1     
[2]    30 GGCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 1     
[3]    29  CATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 2     
[4]    29  GCTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 2     
[5]    28   ATGGGCCTACCATGGGAGCTACGAAGCC             + 3     
[6]    28   CTTCGTAGCTCCCATGGTAGGCCCATGT             - 3

# 6 संभावित ट्रांसलेशंस, AAStringSet
[1]    10 TWAYHGSYEA                                 + 1     
[2]    10 GFVAPMVGPC                                 - 1     
[3]     9 HGPTMGATK                                  + 2
[4]     9 AS*LPW*AH                                  - 2
[5]     9 MGLPWELRS                                  + 3
[6]     9 LRSSHGRPM                                  - 3

ज़ीका वायरस में संरक्षित क्षेत्र

ज़ीका ब्लॉक्स अनुकूलित चित्र From Mosquitos to Humans: Genetic Evolution of Zika Virus Wang, Lulan et al. Cell Host & Microbe 2016, Vol 19 5: 561-565

तथ्य

Zika Virus का पॉज़िटिव-स्ट्रैंड जीनोम होता है
यह मनुष्यों, बंदरों और मच्छरों में रहता है
Flaviviruses परिवार का है और 11 संरक्षित प्रोटीन्स साझा करता है

आइए पैटर्न्स ढूँढने का अभ्यास करें!

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