Biostrings परिचय

R में Bioconductor परिचय

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Biostrings

सीक्वेंस की तेज़ manipulation के लिए एल्गोरिदम
कई Bioconductor पैकेज Biostrings पर निर्भर हैं

BiocManager::install("Biostrings")

बायोलॉजिकल स्ट्रिंग कंटेनर

Biostrings → कैरेक्टर सीक्वेंस को स्टोर/मैनीपुलेट करने में मेमोरी-इफिशिएंट
कंटेनर जिन्हें इनहेरिट किया जा सकता है

उदाहरण:

BString क्लास का अर्थ है big string

Strings बनाम Sets

XString एक single सीक्वेंस स्टोर करने के लिए
- BString किसी भी string के लिए
- DNAString DNA के लिए
- RNAString RNA के लिए
- AAString amino acids के लिए

XStringSet कई सीक्वेंस के लिए
- BStringSet
- DNAStringSet
- RNAStringSet
- AAStringSet

showClass()

showClass("XString")

Virtual Class "XString" [package "Biostrings"]

Slots:

Name:             shared            offset            length   elementMetadata          metadata
Class:         SharedRaw           integer           integer DataFrame_OR_NULL              list

Extends: 
Class "XRaw", directly
Class "XVector", by class "XRaw", distance 2
Class "Vector", by class "XRaw", distance 3
Class "Annotated", by class "XRaw", distance 4
Class "vector_OR_Vector", by class "XRaw", distance 4

Known Subclasses: "BString", "DNAString", "RNAString", "AAString"

Biostring अल्फाबेट

DNA_BASES # 4 DNA bases

RNA_BASES # 4 RNA bases

"A" "C" "G" "T"

"A" "C" "G" "U"

AA_STANDARD # 20 Amino acids

"A" "R" "N" "D" "C" "Q" "E" "G" "H" "I" "L" "K" "M" "F" "P" "S" "T" "W" "Y" "V"

DNA_ALPHABET # contains IUPAC_CODE_MAP 
RNA_ALPHABET # contains IUPAC_CODE_MAP 
AA_ALPHABET  # contains AMINO_ACID_CODE

¹ For more information IUPAC DNA codes http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/iupac.html

ट्रांसक्रिप्शन और ट्रांसलेशन

DNA से RNA ट्रांसक्रिप्शन

# DNA single string
dna_seq <- DNAString("ATGATCTCGTAA")
dna_seq

12-letter DNAString object
seq: ATGATCTCGTAA

# Transcription DNA to RNA string
rna_seq <- RNAString(dna_seq)
rna_seq

12-letter RNAString object
seq: AUGAUCUCGUAA

RNA से amino acids ट्रांसलेशन

rna_seq

12-letter RNAString object 
seq: AUGAUCUCGUAA

# Translation RNA to AA
aa_seq <- translate(rna_seq)
aa_seq

तीन RNA बेस मिलकर एक AA बनाते हैं: AUG = M, AUC = I, UCG = S, UAA = *

4-letter AAString object
seq: MIS*

शॉर्टकट: DNA से amino acids ट्रांसलेट करें

dna_seq

12-letter DNAString object
seq: ATGATCTCGTAA

# translate() सीधे DNA से AA भी करता है
translate(dna_seq)

4-letter AAString object
seq: MIS*

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