सीक्वेंस हैंडलिंग

R में Bioconductor परिचय

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

Single बनाम Set

XString एक single सीक्वेंस रखने के लिए
- BString किसी भी string के लिए
- DNAString DNA के लिए
- RNAString RNA के लिए
- AAString amino acids के लिए

XStringSet कई सीक्वेंस के लिए
- BStringSet
- DNAStringSet
- RNAStringSet
- AAStringSet

StringSet बनाएँ और उसे collate करें

# सीक्वेंस को set की तरह पढ़ें
zikaVirus <- readDNAStringSet("data/zika.fa")

length(zikaVirus)  # set में सिर्फ एक सीक्वेंस है
width(zikaVirus)   # और चौड़ाई 10794 bases है

1
10794

# सीक्वेंस collate करें
zikaVirus_seq <- unlist(zikaVirus)


length(zikaVirus_seq)

width(zikaVirus_seq)

10794

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function 'width' for signature '"DNAString"'

Single सीक्वेंस से set तक

# single सीक्वेंस से नया set बनाने के लिए
zikaSet <- DNAStringSet(zikaVirus_seq, start = c(1, 101, 201), end = c(100, 200, 300))
zikaSet

DNAStringSet object of length 3:
    width seq
[1]   100 AGTTGTTGATCTGTGTGAGTCAGACTGCGACAGTTCGAGTCTGAAG...AACAACAGTATCAACAGGTTTAATTTGGATTTGGAAACGAGAGTTT
[2]   100 CTGGTCATGAAAAACCCCAAAGAAGAAATCCGGAGGATCCGGATTG...CTAAAACGCGGAGTAGCCCGTGTAAACCCCTTGGGAGGTTTGAAGA
[3]   100 GGTTGCCAGCCGGACTTCTGCTGGGTCATGGACCCATCAGAATGGT...TACTAGCCTTTTTGAGATTTACAGCAATCAAGCCATCACTGGGCCT

length(zikaSet) 
width(zikaSet)

3
100 100 100

Complement सीक्वेंस

ATGATCTCGTAA

a_seq <- DNAString("ATGATCTCGTAA")
a_seq

12-letter DNAString object
seq: ATGATCTCGTAA

complement(a_seq)

12-letter DNAString object
seq: TACTAGAGCATT

Rev एक सीक्वेंस

zikaShortSet

DNAStringSet instance of length 2
width seq                          names      
[1]    18 AGTTGTTGATCTGTGTGA        seq1
[2]    18 CTGGTCATGAAAAACCCC        seq2

rev(zikaShortSet)

 A DNAStringSet instance of length 2
width seq                          names      
[1]    18 CTGGTCATGAAAAACCCC        seq2       
[2]    18 AGTTGTTGATCTGTGTGA        seq1

सीक्वेंस को reverse करें

zikaShortSet

 A DNAStringSet instance of length 2
width seq                          names      
[1]    18 AGTTGTTGATCTGTGTGA        seq1
[2]    18 CTGGTCATGAAAAACCCC        seq2

reverse(zikaShortSet)

 A DNAStringSet instance of length 2
width seq                          names    
[1]    18 AGTGTGTCTAGTTGTTGA        seq1
[2]    18 CCCCAAAAAGTACTGGTC        seq2

Reverse complement

# Original rna_seq sequence
8-letter RNAString object
seq: AGUUGUUG

reverseComplement(rna_seq)

8-letter RNAString object
seq: CAACAACU

# दो फंक्शन साथ में उपयोग करें
reverse(complement(rna_seq))

8-letter RNAString object
seq: CAACAACU

unlist length width complement rev reverse everseComplement

आइए sequence handling का अभ्यास करें!

R में Bioconductor परिचय