जीनोमिक डेटासेट्स की जीवविज्ञान का परिचय

R में Bioconductor परिचय

James Chapman

Curriculum Manager, DataCamp

जीवन के किंगडम के जीव

DNA_parts

जीनोम एलिमेंट्स

अनुवांशिक जानकारी: DNA अल्फाबेट
क्रोमोसोम्स का एक सेट (संख्या बहुत भिन्न)
जीन्स (विरासत के निर्देश)
- कोडिंग और नॉन-कोडिंग
प्रोटीन्स (विशिष्ट फंक्शंस के लिए)
- DNA-to-RNA (transcription)
- RNA-to-protein (translation)

यीस्ट

एक सिंगल-सेल माइक्रोऑर्गैनिज़्म
वह फंगस जिसे लोग पसंद करते हैं ♥
फर्मेंटेशन में उपयोग: बीयर, ब्रेड, केफ़िर, कॉम्बुचा, बायोरिमेडिएशन, आदि
नाम: Saccharomyces cerevisiae या S. cerevisiae

यीस्ट

BSgenome एनोटेशन पैकेज

# पैकेज लोड करें और डेटा yeast में स्टोर करें
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
yeast <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3


# अन्य उपलब्ध जीनोम्स
available.genomes()

"BSgenome.Alyrata.JGI.v1"                   
"BSgenome.Amellifera.BeeBase.assembly4"     
"BSgenome.Amellifera.NCBI.AmelHAv3.1"       
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2"          
"BSgenome.Amellifera.UCSC.apiMel2.masked"
...

length(yeast)

names(yeast)

"chrI"    "chrII"   "chrIII"  "chrIV"   "chrV"    "chrVI"   "chrVII" 
"chrVIII" "chrIX"   "chrX"    "chrXI"   "chrXII"  "chrXIII" "chrXIV" 
"chrXV"   "chrXVI"  "chrM"

seqlengths(yeast)

chrI    chrII   chrIII  chrIV    chrV    chrVI   chrVII   chrVIII  chrIX   chrX 
230218  813184  316620  1531933  576874  270161  1090940  562643   439888  745751 
chrXI  chrXII   chrXIII  chrXIV   chrXV    chrXVI   chrM 
666816 1078177  924431   784333   1091291  948066   85779

सीक्वेंस प्राप्त करें

getSeq(): BSgenome के लिए S4 मेथड

# पूरी जीनोमिक सीक्वेंस चुनें
getSeq(yeast)


# क्रोमोसोम M से सीक्वेंस चुनें
getSeq(yeast, "chrM")


# पहले 10 बेस पेयर्स चुनें
getSeq(yeast, end = 10)

अभ्यास करते हैं!

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