मेरा कोड धीमा है!

कार्यकुशल R कोड लिखना

Colin Gillespie

Jumping Rivers & Newcastle University

क्या मेरा कोड सच में धीमा है?

1 सेकंड?
1 मिनट?
1 घंटा?

क्या मेरा कोड सच में धीमा है?

बेंचमार्किंग

जिसे बेंचमार्क करना है, उसके लिए एक फंक्शन बनाएँ
अलग परिस्थितियों में उसका समय नापें, जैसे डेटा सेट

उदाहरण: संख्याओं का अनुक्रम

$$ 1, 2, 3, \ldots, n $$

विकल्प 1

1:n

विकल्प 2

seq(1, n)

विकल्प 3

seq(1, n, by = 1)

फंक्शन रैपिंग

colon <- function(n) 1:n
colon(5)

1 2 3 4 5

seq_default <- function(n) seq(1, n)
seq_by <- function(n) seq(1, n, by = 1)

system.time() से टाइमिंग

system.time(colon(1e8))

#   user  system elapsed
#  0.032   0.028   0.060

system.time(seq_default(1e8))

#   user  system elapsed
#  0.060   0.028   0.086

system.time(seq_by(1e8))

#   user  system elapsed
#  1.088   0.520   1.600

user time वह CPU समय है जो यूज़र इंस्ट्रक्शंस के निष्पादन पर लगता है।
- system time वह CPU समय है जो सिस्टम कॉलिंग प्रोसेस की ओर से उपयोग करता है।
- elapsed time लगभग user और system का योग होता है; आमतौर पर हम इसी संख्या की परवाह करते हैं।

परिणाम स्टोर करना

system.time(colon(1e8))

की समस्या यह है कि हमने परिणाम स्टोर नहीं किया। परिणाम रखने के लिए कोड फिर चलाना होगा:

res <- colon(1e8)

<- ऑपरेटर दोनों काम करता है:

आर्गुमेंट पासिंग
ऑब्जेक्ट असाइन्मेंट

system.time(res <- colon(1e8))

= ऑपरेटर इनमें से एक करता है:

आर्गुमेंट पासिंग
ऑब्जेक्ट असाइन्मेंट

# त्रुटि उत्पन्न होगी
system.time(res = colon(1e8))

रिलेटिव टाइम

Method	Absolute time (secs)	Relative time
`colon(n)`	0.060	$0.060/0.060 = 1.00$
`seq_default(n)`	0.086	$0.086/0.060 = 1.40$
`seq_by(n)`	1.607	$1.60/0.060 = 26.7$

microbenchmark पैकेज

फंक्शंस की तुलना करता है
- हर फंक्शन कई बार चलाया जाता है

library("microbenchmark")

n <- 1e8
microbenchmark(colon(n),
               seq_default(n),
               seq_by(n),
               times = 10) # हर फंक्शन 10 बार चलाएँ

# Unit: milliseconds
#           expr  min   lq  mean  median   uq  max neval cld
#       colon(n)   59  130   220     202  341  391    10  a
# seq_default(n)   94  204   290     337  348  383    10  a
#      seq_by(n) 1945 2044  2260    2275 2359 2787    10   b

अभ्यास करते हैं!

कार्यकुशल R कोड लिखना