समय में मापना

Python में बायोमेडिकल इमेज विश्लेषण

Stephen Bailey

Instructor

Ejection fraction

$$ Ejection\ Fraction = \frac{LV_{max} - LV_{min}}{LV_{max}} $$

heart-beat

Ejection fraction

प्रक्रिया

बाएँ वेंट्रिकल का सेगमेंट करें
टाइम सीरीज़ के हर 3D वॉल्यूम के लिए वॉल्यूम निकालें
न्यूनतम और अधिकतम चुनें
इजेक्शन फ्रैक्शन निकालें

हर टाइम पॉइंट पर वॉल्यूम निकालें

# Stored in (t,z,x,y) format
vol_ts.shape
labels.shape

(20, 12, 256, 256)
(20, 12, 256, 256)

timeseries-plot

# Calculate voxel volume in mm^3
d0,d1,d2,d3=vol_ts.meta['sampling']
dvoxel = d1 * d2 * d3

# Instantiate empty list
ts = np.zeros(20)

# Loop through volume time series
for t in range(20):

    nvoxels=ndi.sum(1,
                    labels[t], 
                    index=1)

    ts[t] = nvoxels * dvoxel

plt.plot(ts)
plt.show()

Ejection fraction निकालें

min_vol = ts.min()
max_vol = ts.max()

ejec_frac = (max_vol - min_vol) / max_vol

ejec_frac

0.58672

maximum-minimum-side-by-side

अभ्यास करते हैं!

Python में बायोमेडिकल इमेज विश्लेषण