इंटेंसिटी मापना

Python में बायोमेडिकल इमेज विश्लेषण

Stephen Bailey

Instructor

इंटेंसिटी मापना

कार्डियक टाइम सीरीज़ के एक वॉल्यूम के लिए हमारे पास ये लेबल हैं:

Left ventricle
Central portion

लेबल सहित 2D हृदय-इमेज

फंक्शन

`scipy.ndimage.measurements`

ndi.mean()

ndi.median()

ndi.sum()

ndi.maximum()

ndi.standard_deviation()

ndi.variance()

सभी डाइमेंशनों पर लगाई जाने वाली फंक्शन, चाहें तो खास लेबल्स पर।

कस्टम फंक्शन:

ndi.labeled_comprehension()

मेज़रमेंट फंक्शन कॉल करना

import imageio.v2 as imageio
import scipy.ndimage as ndi
vol=imageio.volread('SCD-3d.npz')
label=imageio.volread('labels.npz')

# All pixels
ndi.mean(vol)

3.7892

# Labeled pixels
ndi.mean(vol, label)

89.2342

# Label 1
ndi.mean(vol, label, index=1)

163.2930

# Labels 1 and 2
ndi.mean(vol, label, index=[1,2])

[163.2930, 60.2847]

ऑब्जेक्ट हिस्टोग्राम

hist=ndi.histogram(vol, min=0, max=255, bins=256)

obj_hists=ndi.histogram(vol, 0, 255, 256, 
                        labels, index=[1, 2])
len(obj_hists)

ऑब्जेक्ट हिस्टोग्राम

plt.plot(obj_hists[0], 
   label='Left ventricle')
plt.plot(obj_hists[1], 
   label='Other labelled pixels')
plt.legend()
plt.show()

हिस्टोग्राम प्लॉट

कई टिश्यू टाइप वाले हिस्टोग्राम में कई पीक होंगे
अच्छी तरह से सेगमेंटेड टिश्यू के हिस्टोग्राम अक्सर नॉर्मल डिस्ट्रीब्यूशन जैसे दिखते हैं

अभ्यास करते हैं!

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