DE विश्लेषण का ओवरव्यू

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

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फाइब्रोसिस प्रयोग

DE विश्लेषण का ओवरव्यू

DESeq2 वर्कफ़्लो

DESeq2 वर्कफ़्लो - मॉडल

DESeq2 वर्कफ़्लो: मॉडल

# Create DESeq object 
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

DESeq ऑब्जेक्ट

DESeq2 वर्कफ़्लो: डिज़ाइन फॉर्मूला

उदाहरण मेटाडेटा

# Design formula 
~ strain + sex + treatment

DESeq2 वर्कफ़्लो: डिज़ाइन फॉर्मूला

उदाहरण मेटाडेटा

# Design formula 
~ strain + sex + treatment + sex:treatment

DESeq2 वर्कफ़्लो: रनिंग

# Run analysis
dds_wt <- DESeq(dds_wt)

using pre-existing size factors
estimating dispersions
gene-wise dispersion estimates
mean-dispersion relationship
final dispersion estimates
fitting model and testing

DESeq ऑब्जेक्ट

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