DESeq2 के लिए डेटा व्यवस्थित करना

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

DESeq2 के लिए डेटा लाना: सैंपल क्रम

मेटाडेटा meta_unordered

रॉ काउंट्स counts_ordered

DESeq2 के लिए डेटा लाना: सैंपल क्रम

rownames(wt_metadata)

 [1] "wt_normal3"  "smoc2_fibrosis2" "wt_fibrosis3"  "smoc2_fibrosis3" "smoc2_normal3"   "wt_normal1"     
 [7] "smoc2_normal4"  "wt_fibrosis2"  "wt_normal2"  "smoc2_normal1"  "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis4"
[13] "wt_fibrosis4"  "wt_fibrosis1"

colnames(wt_rawcounts)

 [1] "wt_normal1"  "wt_normal2"  "wt_normal3"  "wt_fibrosis1"   "wt_fibrosis2"    "wt_fibrosis3"   
 [7] "wt_fibrosis4"  "smoc2_normal1"  "smoc2_normal3"  "smoc2_normal4"   "smoc2_fibrosis1" "smoc2_fibrosis2"
[13] "smoc2_fibrosis3" "smoc2_fibrosis4"

DESeq2 के लिए डेटा लाना: सैंपल क्रम

all(rownames(wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

FALSE

वेक्टरों के बीच क्रम मिलाना

match() फंक्शन का उपयोग:

match(vector1, vector2)

vector1: इच्छित क्रम वाला वेक्टर

vector2: जिसे पुनः क्रमित करना है

output: vector2 को vector1 के क्रम में लाने के लिए इंडेक्स

match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata)

6   9   1   14  8   3   13  10  5   7   11  2   4   12

match() के आउटपुट से पुनः क्रमित करना:

idx <- match(colnames(wt_rawcounts), rownames(wt_metadata))

reordered_wt_metadata <- wt_metadata[idx, ]

View(reordered_wt_metadata)

पुनः क्रमित मेटाडेटा

all(rownames(reordered_wt_metadata) == colnames(wt_rawcounts))

TRUE

पुनः क्रमित मेटाडेटा

क्रमित काउंट्स

DESeq2 ऑब्जेक्ट बनाना

# Create DESeq object
dds_wt <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = wt_rawcounts,
                              colData = reordered_wt_metadata,
                              design = ~ condition)

deseq ऑब्जेक्ट

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