RNA-Seq DE विश्लेषण सारांश

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

वर्कफ़्लो

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RNA-Seq तैयारी

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QC

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RNA-Seq वर्कफ़्लो: रॉ डेटा क्वालिटी कंट्रोल

सीक्वेंस संदूषण

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एलाइनमेंट

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RNA-Seq वर्कफ़्लो: एलाइनमेंट

एलाइनमेंट2

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क्वांटिटेशन

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RNA-Seq वर्कफ़्लो: क्वांटिटेशन

काउंट्स

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डिफरेंशियल एक्सप्रेशन विश्लेषण की तैयारी: DESeq2 ऑब्जेक्ट

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = rawcounts,
                        colData = metadata,
                        design = ~ condition)

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