RNA-Seq Workflow

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

Mary Piper

Bioinformatics Consultant and Trainer

RNA-Seq Workflow: RNA-Seq प्रयोगात्मक डिज़ाइन

  जैविक रिप्लिकेट्स

  • टेक्निकल रिप्लिकेट्स: तकनीकी बदलाव आम तौर पर कम होते हैं, इसलिए अक्सर आवश्यक नहीं।

  • जैविक रिप्लिकेट्स: RNA-Seq डिफरेंशियल एक्सप्रेशन एनालिसिस की सफलता के लिए अहम। जितने अधिक, उतना बेहतर; कम से कम 3 रखें।

  • बैच इफेक्ट्स: यथासंभव बचें और सभी एक्सपेरिमेंटल वेरिएबल्स नोट करें।

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वर्कफ़्लो

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RNA-Seq प्रेप

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क्वालिटी कंट्रोल

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RNA-Seq Workflow: क्वालिटी कंट्रोल

सीक्वेंस क्वालिटी

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अलाइनमेंट

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RNA-Seq Workflow: अलाइनमेंट

जीनोम से अलाइनमेंट

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क्वांटिटेशन

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RNA-Seq Workflow: काउंट मैट्रिक्स

wt_rawcounts <- read.csv("fibrosis_wt_rawcounts.csv")

काउंट मैट्रिक्स

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पूर्ण वर्कफ़्लो

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उदाहरण परिणाम

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पूर्ण वर्कफ़्लो

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अब आपकी बारी!

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