Unsupervised clustering analyses

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq

Mary Piper

Instructor

DESeq2 वर्कफ़्लो - QC

Unsupervised clustering analyses: log transformation

vsd_wt <- vst(dds_wt, blind=TRUE)

हीटमैप उदाहरण

Correlation heatmaps के साथ hierarchical clustering

# Extract the vst matrix from the object
vsd_mat_wt <- assay(vsd_wt) 
# Compute pairwise correlation values
vsd_cor_wt <- cor(vsd_mat_wt) 
View(vsd_cor_wt)

कोरिलेशन मैट्रिक्स

Correlation heatmaps के साथ hierarchical clustering

# Load pheatmap libraries
library(pheatmap) 

# Plot heatmap
pheatmap(vsd_cor_wt, annotation = select(wt_metadata, condition))

Correlation heatmaps के साथ hierarchical clustering

वाइल्डटाइप हीटमैप

अभ्यास करते हैं!

R में Bioconductor के साथ RNA-Seq