Cox मॉडल का विज़ुअलाइज़ेशन

R में Survival Analysis

Heidi Seibold

Statistician at LMU Munich

Cox मॉडल को विज़ुअलाइज़ करने के स्टेप्स

Cox मॉडल निकालें
सहपरिवर्तनीय संयोजन तय करें ("काल्पनिक मरीज")
सर्वाइवल कर्व्स निकालें
सर्वाइवल कर्व जानकारी वाला data.frame बनाएं
प्लॉट करें

स्टेप 1: Cox मॉडल निकालें

cxmod <- coxph(Surv(time, cens) ~ horTh + tsize, data = GBSG2)

सहपरिवर्तनीय संयोजन तय करें ("काल्पनिक मरीज")

newdat <- expand.grid(
  horTh = levels(GBSG2$horTh),
  tsize = quantile(GBSG2$tsize, probs = c(0.25, 0.5, 0.75))   )
rownames(newdat) <- letters[1:6]
newdat

  horTh tsize
a    no    20
b   yes    20
c    no    25
...

स्टेप 2: सर्वाइवल कर्व्स निकालें

cxsf <- survfit(cxmod, data = GBSG2, newdata = newdat, conf.type = "none")

str(cxsf)

List of 10
$ n       : int 686
$ time    : num [1:574] 8 15 16 17 18 29 42 46 57 63 ...
$ n.risk  : num [1:574] 686 685 684 683 681 680 679 678 677 676 ...
$ n.event : num [1:574] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ n.censor: num [1:574] 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 ...
$ surv    : num [1:574, 1:6] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
..- attr(*, "dimnames")=List of 2
.. ..$ : NULL
.. ..$ : chr [1:6] "a" "b" "c" "d" ...
$ type    : chr "right"
$ cumhaz  : num [1:574, 1:6] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ std.err : num [1:574, 1:6] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ call    : language survfit(formula = cxmod, newdata = newdat, conf.type = "none", data = GBSG2)
  - attr(*, "class")= chr [1:2] "survfit.cox" "survfit"

स्टेप 3: सर्वाइवल कर्व जानकारी वाला data.frame बनाएँ

surv_cxmod0 <- surv_summary(cxsf)
head(surv_cxmod0)

   time n.risk n.event n.censor surv std.err upper lower strata
 1    8    686       0        1    1       0    NA    NA      a
 2   15    685       0        1    1       0    NA    NA      a
 3   16    684       0        1    1       0    NA    NA      a
 4   17    683       0        2    1       0    NA    NA      a
 5   18    681       0        1    1       0    NA    NA      a
 6   29    680       0        1    1       0    NA    NA      a

surv_cxmod <- cbind(surv_cxmod0,
                    newdat[as.character(surv_cxmod0$strata), ])

स्टेप 4: प्लॉट करें

ggsurvplot_df(surv_cxmod, linetype = "horTh", color = "tsize",
  legend.title = NULL, censor = FALSE)

अब आपकी बारी है विज़ुअलाइज़ करने की!

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