Differential binding परिचय

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

सैंपल की तुलना

  • दो सैंपल समूह: Primary और treatment-resistant tumor.

जवाब देने वाले प्रश्न:

  • क्या एक ही समूह के सैंपल आमतौर पर मिलते-जुलते हैं?
  • क्या अलग समूहों के सैंपल अलग हैं?
  • वे अंतर क्या हैं?
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

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R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

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ChIP-seq डेटा के लिए PCA प्लॉट

qc_result <- ChIPQC("sample_info.csv", "hg19")

counts <- dba.count(qc_results, summits=250)

plotPrincomp(counts)
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

हाइरार्किकल क्लस्टरिंग

सैंपलों के बीच दूरी निकालें

distance <- dist(t(coverage))

डेंड्रोग्राम बनाएँ

dendro <- hclust(distance)

डेंड्रोग्राम प्लॉट करें

plot(dendro)
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हीटमैप

पीक्स के coverage डेटा से हीटमैप बनाएँ

dba.plotHeatmap(peaks, maxSites = peak_count, correlations = FALSE)

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अभ्यास करते हैं!

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

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