अंतरित बाइंडिंग के लिए परीक्षण

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

ChIP-seq सैंपल समूहों की तुलना

  • समूहों के बीच महत्वपूर्ण अंतर खोजने के लिए read counts का सांख्यिकीय विश्लेषण करें.
  • DiffBind पैकेज विश्लेषण टूल्स का इंटरफ़ेस देता है.
    • DESeq2 या edgeR में से किसी एक का उपयोग करें.
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

साझा पीक सेट बनाना

पीक सेट में reads गिनना:

peak_counts <- dba.count(qc_output, summits=250)
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

कॉन्ट्रास्ट स्थापित करना

कॉन्ट्रास्ट बनाना:

peak_counts <- dba.contrast(peak_counts, categories = DBA_CONDITION)

अन्य समर्थित श्रेणियाँ:

  • DBA_ID
  • DBA_TISSUE
  • DBA_FACTOR
  • DBA_TREATMENT
  • DBA_REPLICATE
  • DBA_CALLER
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

कंट्रोल्स का उपयोग

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

विश्लेषण चलाना

bind_diff <- dba.analyze(peak_counts)
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परिणामों की पहली झलक

अंतरित बाउंड पीक्स के लिए PCA प्लॉट

dba.plotPCA(bind_diff, DBA_Condition, contrast=1)

अंतरित बाउंड पीक्स के लिए हीटमैप

dba.plotHeatmap(bind_diff, DBA_Condition, contrast=1)
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अभ्यास करते हैं!

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

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