ChIP-seq क्या है?

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

डेटा

प्रोस्टेट कैंसर के मरीज
- 5 प्राथमिक ट्यूमर सैंपल
- 3 ट्रीटमेंट-रेज़िस्टेंट सैंपल
ChIP में Androgen Receptor को टार्गेट किया गया
AR टेस्टोस्टेरोन से बाइंड होकर सक्रिय होता है
सक्रिय AR टार्गेट जीन की अभिव्यक्ति नियंत्रित करता है

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments('file_name')

seqnames(reads)
start(reads)
end(reads)

coverage(reads)

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed('file_name')

chrom(peaks)
ranges(peaks)

score(peaks)

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq