डेटा इम्पोर्ट करना

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

सीक्वेंस रीड्स संभालना

  • आम तौर पर Binary Sequence Alignment/Map (BAM) फॉर्मेट फाइलों में स्टोर होता है।
  • BAM रिकॉर्ड फ़ील्ड्स:
    • Read name: SRR1782620.7265769
    • Binary flag: 0
    • Reference sequence name और alignment की position: chr20 29803915
    • Mapping quality: 0
    • CIGAR string (alignment summary): 51M
    • Paired read की reference sequence और position (यहाँ उपयोग नहीं): 0 0
    • Read sequence: AATGAAATGGAA ...
    • Read quality (ASCII encoded): CCCFFFFFHHHH ...
R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

R में mapped reads इम्पोर्ट करना

  • BAM फाइलों से इंटरैक्ट करने के लिए Rsamtools पैकेज का उपयोग करें।
  • Rsamtools BAM फाइलों के indexing, reading, filtering और writing के लिए फ़ंक्शन देता है।

Mapped reads इम्पोर्ट करने के लिए readGAlignments का उपयोग करें।

library(GenomicAlignments)
reads <- readGAlignments(bam_file)

GAlignments ऑब्जेक्ट रिटर्न करता है।

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चयनित क्षेत्रों का इम्पोर्ट

  • रुचि के क्षेत्रों को परिभाषित करने के लिए BamViews का उपयोग करें।
library(GenomicRanges)
library(Rsamtools)
ranges <- GRanges(...)
views <- BamViews(bam_file, bamRanges=ranges)
  • फिर पहले की तरह reads इम्पोर्ट करें।
reads <- readGAlignments(views)

BamViews फ़ंक्शन कई BAM फाइलों को सपोर्ट करता है।

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Peak calls इम्पोर्ट करना

BED फाइल से peak calls लोड करने के लिए import.bed का उपयोग करें।

library(rtracklayer)
peaks <- import.bed(peak_bed, genome="hg19")

BAM फाइलों में views परिभाषित करने के लिए peaks का उपयोग करें।

bams <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)
reads <- readGAlignments(bams)
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