ChIP-seq पुनरावलोकन

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

रिव्यू: डेटा इम्पोर्ट करना

पीक कॉल्स लोड करें

peaks <- import.bed(peak_file, genome="hg19")

एक BamViews ऑब्जेक्ट बनाएँ

bam_views <- BamViews(bam_file, bamRanges=peaks)

रीड्स लोड करें

reads <- readGAlignments(bam_views)

अब अपनी तरफ से अभ्यास का समय!
GEO पर एक्सप्लोर करने के लिए डेटासेट्स देखें: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/.
इस कोर्स का डेटा एक्सेशन GSE65478 पर उपलब्ध है.
Bioconductor वेबसाइट: https://bioconductor.org/
Bioconductor सपोर्ट: https://support.bioconductor.org/

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