ChIP-seq डेटा की सफाई

R में Bioconductor के साथ ChIP-seq

Peter Humburg

Statistician, Macquarie University

आम समस्याएँ

गलत तरीके से मैप हुई reads झूठे peaks दे सकती हैं.

गलत तरीके से मैप हुई reads झूठे peaks दे सकती हैं.

गलत तरीके से मैप हुई reads झूठे peaks दे सकती हैं.

कोशिकाओं से निकाले गए DNA fragments को sequencing से पहले कई बार कॉपी किया जाता है.
सभी fragments समान संख्या में कॉपी नहीं बनाते.
एक ही fragment की कई प्रतियाँ sequence हो सकती हैं.
एक अकेला DNA fragment coverage बढ़ा सकता है और गलत peak calls करा सकता है.

library(ChIPQC)
qc_report <- ChIPQC(experiment="sample_info.csv", annotation="hg19")
ChIPQCreport(qc_report)

SampleID	Factor	Condition	Tissue	Treatment	bamReads	Peaks	PeakCaller
S1	AR	primary	primary prostate tumor	gleason score: 3+4=7	S1.bam	S1.bed	macs
S2	AR	primary	primary prostate tumor	gleason score: 3+4=7	S2.bam	S2.bed	macs
...	...	...	...	...	...	...	...

डुप्लिकेट reads हटाएँ.
कई hits वाली reads हटाएँ.
कम mapping quality वाली reads हटाएँ.
blacklisted regions में peaks हटाएँ.
- Blacklisted regions ENCODE प्रोजेक्ट से मिलते हैं.

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