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R में limma के साथ Differential Expression Analysis

John Blischak

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R में limma के साथ Differential Expression Analysis

p-values के हिस्टोग्राम

  • limma फंक्शन topTable

  • कॉन्ट्रास्ट निर्धारित करें

    • coef = "dox_wt"
    • coef = "dox_top2b"
    • coef = "interaction"
hist(runif(10000))

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वॉल्केनो प्लॉट

  • limma फंक्शन volcanoplot

  • x-axis: कंट्रास्टेड समूहों के बीच expression में log-fold change

  • y-axis: differential expression के log odds

  • कॉन्ट्रास्ट निर्धारित करें, जैसे coef = "dox_wt"

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KEGG enrichment की जाँच

  • limma फंक्शन kegga और topKEGG

  • कॉन्ट्रास्ट निर्धारित करें, जैसे coef = "dox_wt"

  • mouse species सेट करें species = "Mm" से

    • Mm == Mus musculus
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अभ्यास करते हैं!

R में limma के साथ Differential Expression Analysis

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