Differential expression analysis

R में limma के साथ Differential Expression Analysis

John Blischak

Instructor

R में limma के साथ Differential Expression Analysis

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R में limma के साथ Differential Expression Analysis

Differential expression analysis का लक्ष्य क्या है?

  • रुचि वाले phenotype से जुड़े genes पहचानें
  • उदाहरण:
    • दवा जैसे stimulus की प्रतिक्रिया
    • विकास के दौरान बदलाव
    • genetic mutation का प्रभाव
R में limma के साथ Differential Expression Analysis

Differential expression क्यों?

  • Novelty

    • क्या अतिरिक्त रुचिकर genes हैं?

  • Context

    • क्या किसी gene का मापन विशिष्ट है या सामान्य?

  • Systems

    • कौन-से biological pathways महत्वपूर्ण हैं?
R में limma के साथ Differential Expression Analysis

एक प्रयोग पूरा करने के कई चरण

  • अध्ययन डिज़ाइन करें
  • प्रयोग करें
  • डेटा एकत्र करें
  • डेटा प्री-प्रोसेस करें
  • डेटा explore करें
  • डेटा test करें
  • परिणाम interpret करें
  • परिणाम साझा करें
R में limma के साथ Differential Expression Analysis

Caveats

  • माप relative होते हैं, absolute नहीं

  • कमजोर डिज़ाइन वाले अध्ययन को statistical methods नहीं बचा सकते

R में limma के साथ Differential Expression Analysis

अभ्यास करते हैं!

R में limma के साथ Differential Expression Analysis

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